Am 1. Februar 2006 hatte das Bundesverwaltungsgericht einen langen Rechtsstreit in Berlin mit seinem Urteil beendet. Es gebe keine greifbaren Anhaltspunkte dafür, dass die Religionsgemeinschaft sich nicht rechtstreu verhalte. Politik und Religionsexperten hatten daran Zweifel geäußert und eine Anerkennung zu verhindern versucht. Kritikern zufolge handelt sich um eine "restriktive Organisation", die Gehorsam erwarte, sich von der staatlichen Ordnung distanziere und ihre Mitglieder sozial isoliere.
Nach dem höchstinstanzlichen Urteil erteilten auch die anderen Bundesländer sukzessive die Körperschaftsrechte. Als letztes Land werde Nordrhein-Westfalen voraussichtlich in der ersten Jahreshälfte 2016 folgen, hieß es aus der Düsseldorfer Staatskanzlei. Die ZJ sind den großen Kirchen damit deutschlandweit rechtlich gleichgestellt worden. Sie können unter ihren Mitgliedern Steuern erheben oder auch Lehrpläne für einen eigenen Religionsunterricht entwickeln.